A. 埋头做学问的，不一定有经费支持，整天跑关系的财源滚滚。这是很显然的事，政府有权分配经费，这一权力难免要寻租。
B. 科学界的拉帮结派。审批时，需要专家出具意见，又由于近代以来，科学研究分工越来越细化，所以一个课题，全国也就寥寥几个专家有资格出具审批意见。那么很显然，这些圈子的人脉就变得很重要，在这上面投资时间和其他资源是很值得的。结果导致帮派形成，你审我，我审你，互相吹捧，互相抬高，形势一片大好。最终把钱忽悠到口袋里。
C. 课题立项全是伪"高精尖"，实用主义和功利主义猖獗。由于科研经费的有限，所以讲究好钢用在刀刃上，要把大部分经费用在最有价值的课题上，这就导致科学家申请课题时，表面上个个都是高精尖项目，个个都是关系国计民生的大项目，但实际上个个都是虚张声势，一片浮躁。那些扎扎实实、不招摇撞骗的基础研究项目，逐渐被边缘化。
D. 探索未知世界之前，却要求先拿出地图。学术活动是创新的过程，创新是探索未知领域的。严格来说，探索是不能规划的，或者至少是不能非常具体地规划的。而我们由于审批时需要拿出科研项目的具体材料，所以就需要科学家们事先把学术活动规划好。这就好像探险家们在探索一片完全未知的原始森林前，先要求他们画出地图。这是很荒唐的。
E. 科学家也会傍大款。一些"小老板"（没有多少影响力的科学家），单靠自己的努力，是很难申请到经费的。于是，他们就努力跟大腕们拉关系，申请经费时写上这些大佬的名字，美其名曰"共同申请"，这样就比较容易拿到经费。实际上，这些大佬们手下课题少则十几个，多则几十个，根本管不过来。经费拨下来后，就由着下面的人折腾了。
F. 一些比较有钱的科学家们拼命铺摊子。一些科学家在申请到经费时，不是埋头做课题，而是拼命买仪器，扩张实验室。我过去所在的实验室规模十分可观，从分子水平到细胞水平的实验啥都能做。这是为啥呢？其实仔细分析很简单。实验室成规模后，就比较容易申请到课题了，一年立好几个项，有做遗传的项目，有做发育的项目，有做免疫的项目，这个项目申请不下来还有那个，风险分散了，经费就有保障了。